Náttúrustofa Suðurlands var stofnuð í nóvember 1996 og starfar hún samkvæmt lögum um Náttúrufræðistofnun Íslands og náttúrustofur (lög nr. 60 frá 1992) og reglugerð um skipulag og starfsemi Náttúrustofu Suðurlands í Vestmannaeyjum (reglugerð 643/1995). Náttúrustofan er til húsa í Þekkingarsetri Vestmannaeyja að Ægisgötu 2 í Vestmannaeyjabæ. Hér má sjá samning um rekstur Náttúrustofunnar frá 2008.